Tonggak awal berdirinya sebuah sekolah tidak terlepas dari berbagai pihak yang telah berjasa di dalamnya. Berdirinya Sekolah Menengah Pertama Katolik Tanjungpinang bermula dari seorang misionaris Belanda bernama RP. Isfried Meijer SS.CC yang datang pada tanggal 12 Februari 1939 dengan membawa kabar baik dan pencerahan pengetahuan kepada semua orang di Tanjungpinang.     Ia merintis sekolah Tionghoa dengan menggunakan Bahasa Inggris sebagai bahasa pengantar. Sekolah ini kemudian menjadi cikal bakal sekolah-sekolah Katolik di Tanjungpinang. Ia mengajar Bahasa Inggris sekaligus sebagai manajer yang mengelola sekolah. Dalam menjalankan tugasnya, Ia dibantu oleh

Edmund Corijn SS.CC yang didatangkan pada tahun 1939. Dengan alur dan dinamika kemerdekaan Indonesia pengelolaan sekolah ini bertahan sampai tahun 1962. Selanjutnya, sekolah ini dikelola oleh Yayasan Tunas Karya Keuskupan Pangkalpinang. Pada tahun yang sama berdirilah SD Katolik yang beralamat di Jalan Diponegoro No. 74 Tanjungpinang.

Setelah SD Katolik berdiri, maka timbullah animo serta perhatian masyarakat yang begitu besar terhadap sekolah Katolik. Sehingga keinginan besar untuk mendirikan sekolah lanjutan bagi anak-anak mulai terealisasi. Maka, pada tahun 1959 mulai dirintislah SMP Katolik Tanjungpinang oleh para misionaris Eropa dengan cara meminjam  gedung SD Katolik yang telah berdiri terlebh dahulu di Jalan Diponegoro No. 74 Tanjungpinang. Ruang kelas SD Katolik digunakan untuk belajar para siswa  SMP Katolik pada sore hari. Pengelolaan SMP Katolik sejak tahun 1959 sampai dengan pertengahan tahun 1962 dilakukan oleh para Pastor dan Suster yang berkarya di Pulau Bintan dan sekitarnya.

Kemudian, pada akhir tahun 1962 pengelolaan SMP Katolik Tanjungpinang diserahkan pada Yayasan Tunas Karya Pangkalpinang. Kepala Sekolah yang pertama secara resmi terpilih saat itu adalah Bapak K.A.S. Fernandez sampai dengan Juni 1987. Tahun Pelajaran Baru Juli 1987 – Juni 1988 di gantikan oleh Bapak D.S. Simanjuntak. Pada bulan Juli 1988 SMP Katolik Tanjungpinang menempati gedung baru di Jalan Batu Kucing 32, Kelurahan Kampung Bulang Tanjungpinang dan proses pembelajaran dilakukan pada pagi hari. Kepala Sekolah terpilih pada saat itu adalah Bapak F. Sunarno periode Juli 1988 – Juni 1997, kemudian dilanjutkan oleh Bapak P. Yudisto Kristy periode Juli 1997 – Juni 2003, lalu digantikan oleh Ibu Fransisca Kayatun periode Juni 2004 –  Juni 2007.  Setelah itu dilanjutkan oleh Bapak Hieronymus Emillianus Sunarta, S.Pd periode Juli 2007 – Juli 2008, kemudian dilanjutkan oleh Bapak Thomas Mas Leden, S.Pd periode  Juli 2008 – Juni 2012, lalu lanjutkan oleh Ibu Sri Martini, S.Pd periode 1 Juli 2012 – 1 Juni 2016, kemudian dilanjutkan oleh Bapak Selamat Simarmata, S.Si periode 1 Juli 2016 hingga Juni 2023, dan pada saat ini dijabat oleh Bapak Fransiskus Xaverius Kanga.